Trong thực tế, các khoản phí này hiện nay có nhiều công ty vận tải đầu tư, kinh doanh nên không còn phù hợp với cơ chế phí. Bởi hiện nay, trong một số lĩnh vực có khả năng xã hội hoá cao, nếu tiếp tục thu phí sẽ không khuyến khích thu hút đầu tư phát triển lĩnh vực này; cũng như ảnh hưởng đến cơ chế tự chủ tài chính của các tổ chức, cá nhân.

Do vậy, việc đề nghị chuyển một số loại phí thành giá dịch vụ, vận động theo cơ chế thị trường để chủ động hơn trong hoạt động thì mới đảm bảo thực hiện tốt chủ trương xã hội hoá của Đảng và Nhà nước.

Ngoài ra, có nhiều ý kiến đề xuất bỏ một số khoản phí, lệ phí khác như: Phí đấu thầu vì theo Luật Đấu thầu và Nghị định 85/2009/NĐ-CP hướng dẫn Luật Đấu thầu và chọn nhà thầu xây dựng đã quy định về chi phí trong đấu thầu. Do đó, nếu quy định về phí đấu thầu sẽ trùng với khoản thu chi phí thẩm định kết quả lựa chọn nhà thầu. Tương tự với phí kiểm định nhà nước về chất lượng hàng hoá, phí thử nghiệm chất lượng sản phẩm, vật tư, nguyên vật liệu, phí kiểm định phương tiện công ty vận tải cũng nên bỏ vì các khoản thu này đã được quy định là khoản chi phí, thực hiện theo cơ chế giá tại Luật kiểm tra chất lượng hàng hoá năm 2008.

Phí quốc phòng, phí an ninh, phí phòng chống thiên tai cũng có đề xuất bỏ vì hiện nay đang được quy định miễn thu theo Chỉ thị 24 của thủ tướng Chính phủ.

Đối với viện phí cũng có đề xuất chuyển sang cơ chế giá dịch vụ khám chữa bệnh vì Luật Khám bệnh, chữa bệnh hiện hành đã quy định rõ là giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.

Một số bộ, ngành, địa phương đề nghị Bộ Tài chính bổ sung một số loại phí, lệ phí tại các văn bản chuyên ngành khác chưa có tên trong Danh mục như: Phí bay qua vùng trời, phí nhượng quyền khai thác hàng không, phí công chứng, phí quyền hoạt động viễn thông, lệ phí cấp phép xây dựng, cấp giấy phép nhà thầu nước ngoài hoạt động xây dựng tại Việt Nam… theo quy định của Luật Hàng không dân dụng Việt Nam, Luật Công chứng, Luật Viễn thông, Luật Xây dựng.

Cũng theo nhiều địa phương thì quy định của pháp luật việc thu phí phải đảm bảo thu hồi vốn trong thời gian hợp lý, phù hợp với khả năng đóng góp của người nộp, có tính đến chính sách của Nhà nước trong từng thời kỳ. Nhưng trong những năm qua, chỉ số giá tiêu dùng có biến động lớn, mức lương tối thiểu được điều chỉnh tăng nhanh ảnh hưởng rất lớn đến mức phí, lệ phí. Do đó, việc sửa đổi khoản phí vận chuyển không còn phù hợp yêu cầu khá thường xuyên của cơ quan, tổ chức thu phí. Do vậy, cần nghiên cứu để có thể quy định về cơ chế điều chỉnh mức thu một cách linh hoạt, phù hợp với biến động của thị trường.

Ngoài ra, một số lệ phí cấp phép, cấp giấy chứng nhận trước khi cấp thường phải xác minh hồ sơ, tài liệu nên phát sinh một số chi phí nên cần phải có nguồn bù đắp. Vì vậy, nếu coi lệ phí không nhằm mục đích bù đắp chi phí là chưa phù hợp với thực tế.