Năm 2013 Cục Hải quan thu ngân sách nhà nước qua hàng hóa xuất nhập khẩu hơn 1.720 tỷ đồng, đạt 210 % chỉ tiêu kế hoạch. Để đạt được kết quả trên trong năm ngành đã tập trung cải cách hành chính, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp hoạt động xuất, nhập khẩu; ứng dụng công nghệ thông tin vào hoạt động dịch vụ hải quan điện tử .

Tính đến nay, 100% Chi cục thông quan trực thuộc Cục Hải quan TP Cần Thơ đã áp dụng thủ tục hải quan điện tử; có 98% doanh nghiệp xuất nhập khẩu làm thủ tục hải quan điện tử. Trong đó, lượng tờ khai thực hiện hải quan điện tử đạt 99% với hơn 30.450 tờ khai. Qua đó, rút ngắn thời gian thông quan, giảm chi phí dịch vụ xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp.

Về hiệu quả của việc ứng dụng hải quan điện tử ông Nguyễn Minh Thông cho biết: “Nếu doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật về hải quan, từ khai hải quan qua mạng nếu rõ ràng, chính xác thì thời gian đối với luồng xanh khoản 5 phút; và luồng vàng nếu bộ hồ sơ đơn giản khi kiểm tra thời gian khoảng 10 phút; còn luồng đỏ, tùy thuộc vào địa điểm kiểm tra”.

Tiêu biểu năm 2014, Cục Hải quan Cần Thơ được giao chỉ tiêu thu ngân sách 1.525 tỉ đồng. Để đạt được chỉ tiêu trên giao ngành sẽ triển khai thực hiện đồng bộ các giải pháp. Trong đó tập trung tạo thuận lợi cho các cơ sở sản xuất kinh doanh, phối hợp chặc chẽ với các địa phương quản lý doanh nghiệp để tháo gỡ sản xuất; đẩy mạnh cải cách hành chính; triển khai và áp dụng hệ thống thông quan tự động và chữ ký số nhằm tạo thuận lợi và rút ngắn thời gian hơn nữa trong giải quyết thủ tục hải quan cho cộng đồng doanh nghiệp.