Theo VNA, nguyên nhân đầu tiên là do công ty vẫn phải chịu chi phí lãi vay cao, hơn 58 tỷ đồng. Trong khi đó doanh thu vận tải biển đã giảm mạnh hơn 139 tỷ đồng so với năm 2012 nhưng chi phí nhiên liệu, sửa chữa và chi phí khai thác vẫn ở mức cao đã dẫn đến kết quả thua lỗ 107.89 tỷ đồng (năm 2012 lỗ 28.29 tỷ đồng).

Với mức lỗ này, lợi nhuận sau thuế chưa phân phối của VNA tại 31/12/2013 ở mức âm 70.5 tỷ đồng, trong khi đầu năm đạt gần 32 tỷ đồng.

Ngoài ra, tại BCTC kiểm toán 2013 của VNA, nợ ngắn hạn của công ty ở mức 366.7 tỷ đồng, tăng hơn đầu năm và cũng vượt xa tài sản ngắn hạn ở cùng thời điểm này là 115.6 tỷ đồng.